后代
DOI:10.18129 / B9.bioc.progeny
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅后代。
从基因表达通路响应基因活动推理
Bioconductor版本:3.14
这个包提供了一个函数来推断途径活性从使用后代基因表达。它包含线性模型我们推断在出版“Perturbation-response基因揭示信号的足印在癌症基因表达”。
作者:迈克尔·舒伯特(aut),阿尔贝托Valdeolivas(施)
、基督教h .荷兰(施),伊戈尔Bulanov[所有],Aurelien Dugourd (cre,施莱)
维护人员:Aurelien Dugourd < Aurelien。在bioquant.uni-heidelberg.de dugourd >
从内部引用(R,回车引用(“后代”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“后代”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“后代”)
| HTML | R脚本 | 对单细胞RNA-seq数据应用的后代 |
| HTML | R脚本 | 后代通路签名:应用程序批量转录组 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | FunctionalPrediction,GeneExpression,GeneRegulation,软件,SystemsBiology |
| 版本 | 1.16.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(4.5年) |
| 许可证 | Apache许可(= = 2.0)|文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 3.6.0) |
| 进口 | Biobase统计数据,dplyr,tidyr,ggplot2,ggrepel,gridExtra |
| 链接 | |
| 建议 | 气道,biomaRt,BiocFileCache,扫帚,修拉,SingleCellExperiment,DESeq2,BiocStyle,knitr,readr,readxl,pheatmap,宠物猫,rmarkdown,testthat(> = 2.1.0的) |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/saezlab/progeny |
| BugReports | https://github.com/saezlab/progeny/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 更容易 |
| 建议我 | mistyR |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | progeny_1.16.0.tar.gz |
| Windows二进制 | progeny_1.16.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | progeny_1.16.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/progeny |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/后代 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/progeny/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
