这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅proFIA。
Bioconductor版本:3.14
流动注射分析耦合的高分辨率质谱高通量代谢组学是一种很有前途的方法。然而,FIA -,8经数据不能与当前软件工具进行预处理,它依赖于液相色谱分离,或只处理低分辨率数据。我们现在proFIA包,它实现了一种新的预处理方法FIA-HRMS原始数据(netCDF, mzData、mzXML mzML)包括噪声建模和注入峰值重建,并生成峰值表。工作流包括噪声造型,带检测和过滤然后信号匹配和缺失值归责。峰值表可以导出为. tsv文件进行进一步分析。可视化效果评估的质量数据和信号的缓解。
作者:亚历克西斯Delabriere和艾蒂安Thevenot。
维护人员:亚历克西斯Delabriere < alexis.delabriere在outlook.fr >
从内部引用(R,回车引用(“proFIA”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“proFIA”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“proFIA”)
HTML | R脚本 | 处理FIA-HRMS数据 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | Lipidomics,MassSpectrometry,代谢组学,PeakDetection,预处理,蛋白质组学,软件 |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年) |
许可证 | CeCILL |
取决于 | R (> = 2.5.0),xcms |
进口 | 统计数据、图形、跑龙套,grDevices、方法pracma,Biobase,minpack.lm,BiocParallel,missForest,ropls |
链接 | |
建议 | BiocGenerics,plasFIA,knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | plasFIA |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | proFIA_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | proFIA_1.20.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | proFIA_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proFIA |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ proFIA |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/proFIA/ |
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