proBatch

DOI:10.18129 / B9.bioc.proBatch

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅proBatch。

工具,用于诊断和修正蛋白质组学的批处理效果

Bioconductor版本:3.14

这些工具促进批在高通量实验中影响分析和校正。质谱仪是开发主要是为蛋白质组学(DIA /片),但也可以适用于大多数使数据和次要的适应性。包包含功能诊断(蛋白质组/全基因组和特性)、校正(正常化和批处理影响校正)和质量控制。基于非线性拟合的方法还包括处理复杂,质量spectrometry-specific信号漂移。

作者:伊莲娜Cuklina < chuklina。伊莲娜gmail.com >, < chloe.h克洛伊·h·李。在gmail.com lee94 >,Patrick Pedrioli

< chloe.h维护者:克洛伊·h·李。在gmail.com lee94 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“proBatch”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“proBatch”)

PDF	R脚本	proBatch方案概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,MassSpectrometry,归一化,预处理,蛋白质组学,质量控制,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	Biobase,corrplot,dplyr,data.table,ggfortify,ggplot2grDevices,lazyeval,lubridate,magrittr,pheatmap,preprocessCore,purrr,pvca,RColorBrewer,reshape2,rlang,尺度统计数据,股东价值分析,tidyr,宠物猫、工具、跑龙套冬青,wesanderson,WGCNA
链接
建议	knitr,rmarkdown,devtools,ggpubr,gtable,gridExtra,roxygen2,testthat(> =魅惑,拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/symbioticMe/proBatch
BugReports	https://github.com/symbioticMe/proBatch/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	proBatch_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	proBatch_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	proBatch_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proBatch
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ proBatch
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/proBatch/
包下载报告	下载数据