preciseTAD

DOI:10.18129 / B9.bioc.preciseTAD

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅preciseTAD。

preciseTAD:机器学习框架精确边界的预测

Bioconductor版本:3.14

preciseTAD提供函数来预测边界的位置相关联的拓扑域(TADs)和染色质循环基本级别的分辨率。作为输入,需要BED-formatted基因组坐标域边界检测的低分辨率高c数据,和高分辨率的基因组注释的坐标编码或其他财团。preciseTAD雇佣了几个特性工程策略和重采样技术解决类不平衡,和火车一个优化的随机森林模型预测低分辨率域边界。翻译在基准面,preciseTAD预测每个基地的概率是一个边界。Density-based集群和可伸缩的分区技术用于检测精确边界地区和峰会点。较低分辨率的边界,preciseTAD边界是CTCF的高纯度,RAD21, SMC3, ZNF143信号和守恒的细胞系。pre-trained模型可以准确预测边界在另一个细胞系使用CTCF RAD21 SMC3, ZNF143注释数据细胞系。

作者:斯皮罗Stilianoudakis (aut),米哈伊尔•Dozmorov (aut (cre)

维修工:米哈伊尔Dozmorov <米哈伊尔。在gmail.com dozmorov >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“preciseTAD”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“preciseTAD”)

HTML	R脚本	preciseTAD
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,聚类,FeatureExtraction,FunctionalGenomics,嗝,测序,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,randomForest,ModelMetrics,e1071,PRROC,pROC,脱字符号跑龙套,集群,dbscan,doSNOW,foreach,pbapply、统计、并行,gtools,rCGH
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocCheck,BiocManager,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/preciseTAD
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/preciseTAD/issues
取决于我
进口我
建议我	preciseTADhub
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	preciseTAD_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	preciseTAD_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	preciseTAD_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/preciseTAD
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ preciseTAD
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/preciseTAD/
包下载报告	下载数据