prebs

DOI:10.18129 / B9.bioc.prebs

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅prebs。

调查地区表达式估计RNA-seq改进的微阵列数据可比性

Bioconductor版本:3.14

prebs包旨在使RNA-sequencing (RNA-seq)数据更加接近微阵列数据。可比性是通过总结sequencing-based表达式的算法RMA的探测区域使用修改后的版本。管道需要映射读取BAM格式作为输入并产生基因表达式或原始微阵列探针组表达式作为输出。

作者:Karolis Uziela Antti Honkela

维护人员:Karolis Uziela < Karolis。在scilifelab.se uziela >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“prebs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“prebs”)

PDF	R脚本	prebs用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,ImmunoOncology,微阵列,预处理,RNASeq,测序,软件
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.14.0),GenomicAlignments,affy,战
进口	平行,方法、统计数据GenomicRanges(> = 1.13.3),IRanges,Biobase,GenomeInfoDb,S4Vectors
链接
建议	prebsdata,hgu133plus2cdf,hgu133plus2probe
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	prebs_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	prebs_1.34.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	prebs_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/prebs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ prebs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/prebs/
包下载报告	下载数据