这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pqsfinder。
Bioconductor版本:3.14
Pqsfinder检测DNA和RNA序列模式可能会折叠成一个分子内G-quadruplex (G4)。与其他方法不同,pqsfinder能够检测G4s折叠从包含凸起或不匹配或不完美的G-runs G4s长期循环。Pqsfinder也分配一个整数的分数上安装每次攻击G4测序数据和对应于折叠G4的预期稳定。
作者:雅罗西克宝贝Dominika Labudova,梅Lexa和托马斯Martinek
维修工:雅罗西克鸿<忌日。亲爱的:gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“pqsfinder”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pqsfinder”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“pqsfinder”)
HTML | R脚本 | pqsfinder:用户指南 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | GeneRegulation,MotifDiscovery,SequenceMatching,软件 |
版本 | 2.10.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.3 (r - 3.3)(6年) |
许可证 | BSD_2_clause +文件许可证 |
取决于 | Biostrings |
进口 | Rcpp(> = 0.12.3),GenomicRanges,IRanges,S4Vectors、方法 |
链接 | Rcpp,黑洞(> = 1.78.0) |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,Gviz,rtracklayer,ggplot2,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,testthat,stringr,stringi |
SystemRequirements | GNU, c++ 11 |
增强了 | |
URL | https://pqsfinder.fi.muni.cz |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | pqsfinder_2.10.1.tar.gz |
Windows二进制 | pqsfinder_2.10.1.zip |
macOS 10.13(高山脉) | pqsfinder_2.10.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pqsfinder |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pqsfinder |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/pqsfinder/ |
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