plotgardener

DOI:10.18129 / B9.bioc.plotgardener

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见plotgardener．

基于坐标的R基因组可视化包

Bioconductor版本:3.14

R.基于坐标的基因组可视化包，它使用户能够以编程方式生成复杂的、多面板的图形。为基因组学量身定制的plotgardener允许用户可视化大型复杂的基因组数据集，并提供对如何在页面上放置和安排图的精细控制。

作者:Nicole Kramer [aut, cre]，埃里克·s·戴维斯[作者]，克雷格·温格[au]， Sarah Parker [ctb]， Erika Deoudes [art]， Michael Love [ctb]， Douglas H. Phanstiel [aut, cph]

维护者:Nicole Kramer

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“plotgardener”)

超文本标记语言	R脚本	plotgardener简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FunctionalGenomics，GenomeAnnotation，GenomeAssembly，嗝，软件，可视化
版本	1.0.17
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	旋度，data.table，dplyr， grDevices，网格，ggplotify，IRanges、方法、plyranges，purrr，Rcpp，RColorBrewer，rlang统计数据,strawr，工具，utils
链接	Rcpp
建议	AnnotationDbi，AnnotationHub，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，ComplexHeatmap，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，GenomicRanges，ggplot2，InteractionSet，knitr，org.Hs.eg.db，rtracklayer，plotgardenerData，png，rmarkdown，尺度，showtext，testthat(> = 3.0.0),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://phanstiellab.github.io/plotgardenerhttps://github.com/PhanstielLab/plotgardener
BugReports	https://github.com/PhanstielLab/plotgardener/issues
全靠我
进口我
建议我	nullranges
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	plotgardener_1.0.17.tar.gz
Windows二进制	plotgardener_1.0.17.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	plotgardener_1.0.17.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/plotgardener
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/plotgardener
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/plotgardener/
软件包下载报告	下载数据