pipeComp

DOI:10.18129 / B9.bioc.pipeComp

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pipeComp。

pipeComp管道基准测试框架

Bioconductor版本:3.14

一个简单的框架,促进管道涉及各个步骤和参数的比较。“pipelineDefinition”类代表管道,最低限度,一组函数连续的输出上执行前一个,和可选地伴随着步进式评价和聚合函数。给这样的一个对象,一组替代参数/方法,和基准数据集,然后“runPipeline”功能通过所有组合参数,避免验算两次相同的步骤和编译动态评估,以避免存储中间数据可能很大。

作者:Pierre-Luc日尔曼(cre, aut),安东尼Sonrel (aut)马克·d·罗宾逊(aut(曾经)

维护人员:Pierre-Luc日尔曼< Pierre-Luc。日尔曼在hest.ethz.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pipeComp”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“pipeComp”)

HTML	R脚本	pipeComp
HTML	R脚本	pipeComp_dea
HTML	R脚本	pipeComp_scRNA
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文本		许可证

细节

biocViews	聚类,DataRepresentation,GeneExpression,软件,转录组
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL
取决于	R (> = 4.1)
进口	BiocParallel,S4Vectors,ComplexHeatmap,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,修拉,matrixStats,矩阵,集群,aricode、方法、跑龙套dplyr、网格尺度,食物,viridisLite,线索,randomcoloR,ggplot2,cowplot,intrinsicDimension,嘘,knitr,reshape2统计数据,Rtsne,uwot,circlize,RColorBrewer
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1186/s13059 - 020 - 02136 - 7
BugReports	https://github.com/plger/pipeComp
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pipeComp_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	pipeComp_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	pipeComp_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipeComp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pipeComp
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pipeComp/
包下载报告	下载数据