pipeComp

DOI:10.18129 / B9.bioc.pipeComp

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pipeComp

pipeComp管道基准测试框架

Bioconductor版本:3.14

一个简单的框架,促进管道涉及各个步骤和参数的比较。“pipelineDefinition”类代表管道,最低限度,一组函数连续的输出上执行前一个,和可选地伴随着步进式评价和聚合函数。给这样的一个对象,一组替代参数/方法,和基准数据集,然后“runPipeline”功能通过所有组合参数,避免验算两次相同的步骤和编译动态评估,以避免存储中间数据可能很大。

作者:Pierre-Luc日尔曼(cre, aut),安东尼Sonrel (aut)马克·d·罗宾逊(aut(曾经)

维护人员:Pierre-Luc日尔曼< Pierre-Luc。日尔曼在hest.ethz.ch >

从内部引用(R,回车引用(“pipeComp”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pipeComp”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“pipeComp”)

HTML R脚本 pipeComp
HTML R脚本 pipeComp_dea
HTML R脚本 pipeComp_scRNA
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 聚类,DataRepresentation,GeneExpression,软件,转录组
版本 1.4.0
Bioconductor自 BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证 GPL
取决于 R (> = 4.1)
进口 BiocParallel,S4Vectors,ComplexHeatmap,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,修拉,matrixStats,矩阵,集群,aricode、方法、跑龙套dplyr、网格尺度,食物,viridisLite,线索,randomcoloR,ggplot2,cowplot,intrinsicDimension,,knitr,reshape2统计数据,Rtsne,uwot,circlize,RColorBrewer
链接
建议 BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://doi.org/10.1186/s13059 - 020 - 02136 - 7
BugReports https://github.com/plger/pipeComp
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 pipeComp_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 pipeComp_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉) pipeComp_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipeComp
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pipeComp
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/pipeComp/
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