periodicDNA

DOI:10.18129 / B9.bioc.periodicDNA

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见periodicDNA．

一套工具来识别k-mers在DNA序列中的周期性出现

Bioconductor版本:3.14

该R包可帮助用户识别一组基因组位点(通常是调控元件)中周期性出现的k-mers(例如二核苷酸或三核苷酸)。该包的功能提供了一种直接的方法来发现k-mers在DNA序列中的周期性出现，如调控元件。它的目的不是识别被保守距离隔开的母题;如需此类分析，请访问MEME网站。

作者:Jacques Serizay [aut, cre]

维护者:Jacques Serizay

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“periodicDNA”)

超文本标记语言	R脚本	周期性dna简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,MotifAnnotation,MotifDiscovery,SequenceMatching,测序,软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，Biostrings,GenomicRanges,IRanges,BSgenome,BiocParallel
进口	S4Vectors,rtracklayer统计数据,GenomeInfoDb,magrittr,动物园,ggplot2，方法，并行，cowplot
链接
建议	BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,BSgenome.Celegans.UCSC.ce11,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,网状,testthat,covr,knitr,rmarkdown,pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/js2264/periodicDNA
BugReports	https://github.com/js2264/periodicDNA/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	periodicDNA_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	periodicDNA_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	periodicDNA_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/periodicDNA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/periodicDNA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/periodicDNA/
软件包下载报告	下载数据