peakPantheR

DOI:10.18129 / B9.bioc.peakPantheR

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅peakPantheR。

挑选峰值和注释的高分辨率的实验

Bioconductor版本:3.14

自动管道的检测、集成和报告预定义的特性在大量的质谱数据文件。它支持多个化合物的实时注释在单个文件,或并行多个化合物在多个文件的注释。一个图形用户界面,以及命令行功能将协助评估注释和更新配件的质量参数,直到获得满意的结果。

作者:Arnaud狼吞虎咽的人(aut (cre)专题,Goncalo (aut)杰克,皮尔斯(施),卡洛琳金沙(施)

维护人员:Arnaud狼吞虎咽的人< adwolfer gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“peakPantheR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“peakPantheR”)

HTML	R脚本	开始使用peakPantheR包
HTML	R脚本	平行的注释
HTML	R脚本	peakPantheR图形用户界面
HTML	R脚本	实时注释
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry,代谢组学,PeakDetection,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	foreach(> = 1.4.4),doParallel(> = 1.0.11),ggplot2(> = 3.3.0),gridExtra(> = 2.3),MSnbase(> =测试盒框),mzR(> = 2.12.0),stringr(> = 1.2.0)、方法(> = 3.4.0),XML(> = 3.98.1.10),minpack.lm(> = 1.2.1),尺度(> = 0.5.0),闪亮的(> = 1.0.5),shinythemes(> = 1.1.1),shinycssloaders(> = 1.0.0),DT(> = 0.15),pracma(> = 2.2.3),跑龙套
链接
建议	testthat,faahKO,msdata,knitr,rmarkdown,老鸨,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/phenomecentre/peakPantheR
BugReports	https://github.com/phenomecentre/peakPantheR/issues/new
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	peakPantheR_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	peakPantheR_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	peakPantheR_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/peakPantheR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ peakPantheR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/peakPantheR/
包下载报告	下载数据