pathview

DOI:10.18129 / B9.bioc.pathview

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pathview。

一组工具基于路径的数据集成和可视化

Bioconductor版本:3.14

Pathview工具集是基于路径的数据集成和可视化。这地图和呈现各种各样的生物相关数据通路图。所有用户需要的是提供数据并指定目标的途径。Pathview自动下载路径图数据、解析数据文件,将用户数据映射到路径,并呈现与映射的数据通路图。此外,Pathview还无缝地集成了通路和基因(浓缩)分析工具对大规模和完全自动化分析。

作者:Weijun罗

维护人员:Weijun罗< luo_weijun yahoo.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pathview”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“pathview”)

PDF	R脚本	Pathview:基于路径的数据集成和可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,GraphAndNetwork,代谢组学,微阵列,通路,蛋白质组学,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,可视化
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(9年)
许可证	GPL (> = 3.0)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	KEGGgraph,XML,Rgraphviz,图,png,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,KEGGREST、方法、跑龙套
链接
建议	计,org.Mm.eg.db,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/datapplab/pathviewhttps://pathview.uncc.edu/
取决于我	BioNetStat,EGSEA,RNASeqR,SBGNview
进口我	debrowser,EnrichmentBrowser,GDCRNATools,TCGAbiolinksGUI,TCGAWorkflow
建议我	CAGEWorkflow,计,gageData,MAGeCKFlute,TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pathview_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	pathview_1.34.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	pathview_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pathview
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pathview
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pathview/
包下载报告	下载数据