panp

DOI:10.18129 / B9.bioc.panp

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅panp。

从负链匹配Probesets Presence-Absence调用

Bioconductor版本:3.14

使基因的存在/没有调用函数基于距离负链匹配probesets (NSMP)来自Affymetrix注释。PANP应用创建后基因表达值,因此可以使用任何预处理方法如MAS5或GCRMA之后,或者像RMA PM-only方法。HGU133A NSMP集已建立,hgu133 - + - 2.0芯片组。

作者:彼得·沃伦

维护人员:华伦<彼得。沃伦在verizon.net >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(panp)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (panp)

PDF	R脚本	基因存在/没有电话
PDF		参考手册

细节

biocViews	基础设施,软件
版本	1.64.0
Bioconductor自	BioC 1.8 (r - 2.3)(16岁)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.10),affy(> = 1.23.4),Biobase(> = 2.5.5)
进口	Biobase、方法、统计跑龙套
链接
建议	gcrma
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	panp_1.64.0.tar.gz
Windows二进制	panp_1.64.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	panp_1.64.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/panp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ panp
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/panp/
包下载报告	下载数据