莲花

DOI:10.18129 / B9.bioc.padma

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅莲花

个性化Multi-Omic路径偏差分数使用多因素分析

Bioconductor版本:3.14

使用多个因子分析计算个性化pathway-centric成绩偏差对基于multi-omic人口抽样化验(如RNA-seq,拷贝数改变,甲基化,等等)。提供图形和数值输出来确定一个特定的高度异常的个人感兴趣的途径,以及异常的基因和组学司机multi-omic概要文件。

作者:安德里亚•劳(cre, aut),雷吉娜Manansala (aut),佛罗伦萨Jaffrezic[所有],丹尼斯Laloe (aut),保罗·奥尔(aut)

维护人员:安德里亚劳<安德里亚。劳在inrae.fr >

从内部引用(R,回车引用(“莲花”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“莲花”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“莲花”)

HTML R脚本 莲花包:快速启动指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BioCarta,GeneExpression,MethylSeq,通路,PrincipalComponent,RNASeq,软件,StatisticalMethod
版本 1.4.0
Bioconductor自 BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证 GPL (> = 3)
取决于 R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment,S4Vectors
进口 FactoMineR,MultiAssayExperiment、方法、图形数据,跑龙套
链接
建议 testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,KEGGREST,missMDA,ggplot2,ggrepel,,cowplot
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/andreamrau/padma
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 padma_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 padma_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) padma_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/padma
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/莲花
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/padma/
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