莲花
DOI:10.18129 / B9.bioc.padma
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅莲花。
个性化Multi-Omic路径偏差分数使用多因素分析
Bioconductor版本:3.14
使用多个因子分析计算个性化pathway-centric成绩偏差对基于multi-omic人口抽样化验(如RNA-seq,拷贝数改变,甲基化,等等)。提供图形和数值输出来确定一个特定的高度异常的个人感兴趣的途径,以及异常的基因和组学司机multi-omic概要文件。
作者:安德里亚•劳(cre, aut)
,雷吉娜Manansala (aut),佛罗伦萨Jaffrezic[所有],丹尼斯Laloe (aut),保罗·奥尔(aut)
维护人员:安德里亚劳<安德里亚。劳在inrae.fr >
从内部引用(R,回车引用(“莲花”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“莲花”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“莲花”)
| HTML | R脚本 | 莲花包:快速启动指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | BioCarta,GeneExpression,MethylSeq,通路,PrincipalComponent,RNASeq,软件,StatisticalMethod |
| 版本 | 1.4.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 3) |
| 取决于 | R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment,S4Vectors |
| 进口 | FactoMineR,MultiAssayExperiment、方法、图形数据,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,KEGGREST,missMDA,ggplot2,ggrepel,车,cowplot |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/andreamrau/padma |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | padma_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | padma_1.4.0.zip(32位和64位) |
| macOS 10.13(高山脉) | padma_1.4.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/padma |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/莲花 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/padma/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
