pRoloc

DOI:10.18129 / B9.bioc.pRoloc

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pRoloc

一个统一的空间蛋白质组学的生物信息学框架

Bioconductor版本:3.14

pRoloc包实现了机器学习和可视化方法的分析和interogation quantitiative质谱数据可靠推断蛋白质亚细胞定位。

作者:Laurent与奥利弗和m . Breckels骗子和丽莎来自托马斯汉堡和塞缪尔Wieczorek

维修工:Laurent与<劳伦。与在uclouvain.be >

从内部引用(R,回车引用(“pRoloc”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pRoloc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“pRoloc”)

HTML R脚本 空间蛋白质组学的迁移学习算法
HTML R脚本 注释空间蛋白质组学数据
HTML R脚本 贝叶斯空间与pRoloc蛋白质组学
HTML R脚本 机器学习技术在pRoloc可用
HTML R脚本 使用pRoloc空间蛋白质组学数据分析
PDF 参考手册
文本 新闻
视频 pRoloc, pRolocdata pRolocGUI

细节

biocViews 分类,聚类,ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,质量控制,软件
版本 1.34.0
Bioconductor自 BioC 2.12 (r - 3.0)(9年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 3.5),MSnbase(> = 1.19.20),MLInterfaces(> = 1.67.10)、方法Rcpp(> = 0.10.3),BiocParallel
进口 stats4,Biobase,mclust(> = 4.3),脱字符号,e1071,抽样,,kernlab,晶格,nnet,randomForest,代理,模糊神经网络,hexbin,BiocGenerics统计数据,dendextend,RColorBrewer,尺度,质量,knitr,mvtnorm,LaplacesDemon,coda,mixtools,gtools,plyr,ggplot2,biomaRt跑龙套,grDevices图形
链接 Rcpp,RcppArmadillo
建议 testthat,rmarkdown,pRolocdata(> = 1.9.4),roxygen2,xtable,rgl,BiocStyle(> = 2.5.19),hpar(> = 1.15.3),dplyr,akima,字段,素食主义者,GO.db,AnnotationDbi,Rtsne(> = 0.13),nipals,重塑,魔法
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/lgatto/pRoloc
BugReports https://github.com/lgatto/pRoloc/issues
取决于我 pRolocGUI,蛋白质组学
进口我
建议我 MSnbase,pRolocdata,RforProteomics
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 pRoloc_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 pRoloc_1.34.0.zip
macOS 10.13(高山脉) pRoloc_1.34.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pRoloc
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pRoloc
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/pRoloc/
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