normr

DOI:10.18129 / B9.bioc.normr

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见normr．

ChIP-seq数据的归一化和差分调用

Bioconductor版本:3.14

ChIP-seq和类似数据的稳健规范化和差异调用程序。读取计数被联合建模为具有用户指定数量的组件的二项式混合模型。拟合的背景估计说明了某些区域富集的影响，因此代表了适当的零假设。这种可靠的背景被用来识别显著富集或枯竭的区域。

作者:Johannes Helmuth [aut, cre]， Ho-Ryun Chung [aut]

维护者:Johannes Helmuth < Johannes。赫尔穆特在labberlin.com >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“normr”)

超文本标记语言	R脚本	normR包介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，贝叶斯，ChIPSeq，分类，DataImport，DifferentialPeakCalling，FunctionalGenomics，遗传学，MultipleComparison，归一化，PeakDetection，预处理，RIPSeq，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.3.0)
进口	方法，统计，utils, grDevices，并行，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，Rcpp(> = 0.11),qvalue(> = 2.2),bamsignals(> = 1.4),rtracklayer(> = 1.32)
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，testthat(> = 1.0),knitr，rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11
增强了	BiocParallel
URL	https://github.com/your-highness/normR
BugReports	https://github.com/your-highness/normR/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	normr_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	normr_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	normr_1.20.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/normr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/normr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/normr/
软件包下载报告	下载数据