normr

DOI:10.18129 / B9.bioc.normr

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见normr

ChIP-seq数据的归一化和差分调用

Bioconductor版本:3.14

ChIP-seq和类似数据的稳健规范化和差异调用程序。读取计数被联合建模为具有用户指定数量的组件的二项式混合模型。拟合的背景估计说明了某些区域富集的影响,因此代表了适当的零假设。这种可靠的背景被用来识别显著富集或枯竭的区域。

作者:Johannes Helmuth [aut, cre], Ho-Ryun Chung [aut]

维护者:Johannes Helmuth < Johannes。赫尔穆特在labberlin.com >

引文(从R内,输入引用(“normr”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“normr”)

超文本标记语言 R脚本 normR包介绍
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文本 新闻

细节

biocViews 对齐贝叶斯ChIPSeq分类DataImportDifferentialPeakCallingFunctionalGenomics遗传学MultipleComparison归一化PeakDetection预处理RIPSeq软件
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.3.0)
进口 方法,统计,utils, grDevices,并行,GenomeInfoDbGenomicRangesIRangesRcpp(> = 0.11),qvalue(> = 2.2),bamsignals(> = 1.4),rtracklayer(> = 1.32)
链接 Rcpp
建议 BiocStyletestthat(> = 1.0),knitrrmarkdown
SystemRequirements c++ 11
增强了 BiocParallel
URL https://github.com/your-highness/normR
BugReports https://github.com/your-highness/normR/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 normr_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 normr_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) normr_1.20.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/normr
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/normr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/normr/
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