这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅netSmooth。
Bioconductor版本:3.14
netSmooth R包网络单一细胞RNA序列数据的平滑。利用蛋白质等生物网络交互作为基因co-expression先知先觉,netsmooth改善从嘈杂的细胞类型识别,稀疏scRNAseq数据。
作者:乔纳森Ronen (aut (cre) Altuna Akalin (aut)
维护人员:乔纳森Ronen < yablee gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“netSmooth”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“netSmooth”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“netSmooth”)
HTML | R脚本 | 代的PPI图 |
HTML | R脚本 | netSmooth例子 |
参考手册 |
biocViews | 聚类,DimensionReduction,GeneExpression,GraphAndNetwork,网络,归一化,预处理,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组 |
版本 | 1.14.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(4年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 3.5),嘘(> = 1.15.11),clusterExperiment(> = 2.1.6) |
进口 | 熵,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,矩阵,集群,data.table、统计数据、方法DelayedArray,HDF5Array(> = 1.15.13) |
链接 | |
建议 | knitr,testthat,Rtsne,biomaRt,igraph,STRINGdb,敝中断,pheatmap,ggplot2,BiocStyle,rmarkdown,BiocParallel,uwot |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/BIMSBbioinfo/netSmooth |
BugReports | https://github.com/BIMSBbioinfo/netSmooth/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | netDx |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | netSmooth_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | netSmooth_1.14.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | netSmooth_1.13.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netSmooth |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ netSmooth |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/netSmooth/ |
包下载报告 | 下载数据 |