netDx

DOI:10.18129 / B9.bioc.netDx

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见netDx．

基于网络的患者分类器

Bioconductor版本:3.14

netDx是一种通用算法，用于从异构患者数据构建患者分类器。该方法将数据转换为特征级别的患者相似性网络。特征选择为每个类识别具有预测价值的特征。方法提供了通用的预测器设计和性能评估使用标准措施。netDx原生地将分子数据分组为路径级特征，并与Cytoscape连接以实现路径主题的网络可视化。有关方法详细信息，请参见:Pai等人(2019)。netDx:使用综合患者相似性网络进行可解释的患者分类。分子系统生物学。15,e8497

作者:Shraddha Pai [aut, cre]、Philipp Weber [aut]、Ahmad Shah [aut]、Luca Giudice [aut]、Shirley Hui [aut]、Anne Nøhr [ctb]、Indy Ng [ctb]、Ruth Isserlin [aut]、Hussam Kaka [aut]、Gary Bader [aut]

维护者:Shraddha Pai < Shraddha。Pai at utoronto.ca>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("netDx")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“netDx”)

超文本标记语言	R脚本	01.建立和测试分类器与临床和多组学数据和途径特征
超文本标记语言	R脚本	02.使用表格格式的数据运行netDx
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，分类，网络，软件，SystemsBiology
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	ROCR，pracma，ggplot2，glmnet，igraph，reshape2，并行，统计，utils，MultiAssayExperiment，图形，grDevices，方法，BiocFileCache，GenomicRanges，bigmemory，doParallel，foreach，combinat，rappdirs，GenomeInfoDb，S4Vectors，IRanges，RColorBrewer，Rtsne，httr，plotrix
链接
建议	curatedTCGAData，rmarkdown，testthat，knitr，BiocStyle，RCy3，clusterExperiment，netSmooth，嘘
SystemRequirements
增强了
URL	http://netdx.org
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	netDx_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	netDx_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netDx
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/netDx
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/netDx/
软件包下载报告	下载数据