nearBynding

DOI:10.18129 / B9.bioc.nearBynding

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅nearBynding。

辨别RNA结构近端蛋白质绑定

Bioconductor版本:3.14

提供一个管道来辨别RNA结构和近端内蛋白质绑定的站点区域的转录组由用户定义。剪辑此种数据可以输入BAM对齐或peak-called bedGraph文件。RNA结构可以预测序列或内部用户可以选择输入自己的RNA结构数据。RNA结构绑定配置文件可以跨多个格式可视化和定量比较。

作者:维罗妮卡Busa (cre)

维护人员:Veronica Busa < vbusa1 jhmi.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“nearBynding”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“nearBynding”)

PDF	R脚本	nearBynding装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataRepresentation,MotifDiscovery,MultipleComparison,软件,StructuralPrediction,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0)
进口	R.utils,matrixStats,plyranges,运输,Rsamtools,S4VectorsgrDevices图形,rtracklayer,dplyr,GenomeInfoDb、方法、GenomicRanges,跑龙套,统计数据,magrittr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,ggplot2,gplots,BiocGenerics,rlang
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements	bedtools (> = 2.28.0) Stereogene (> = v2.22) CapR (> = 1.1.1)
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	nearBynding_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	nearBynding_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	nearBynding_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nearBynding
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ nearBynding
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nearBynding/
包下载报告	下载数据