mzR

DOI:10.18129 / B9.bioc.mzR

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅mzR。

解析器netCDF、mzXML mzData和mzML mzIdentML文件(质谱数据)

Bioconductor版本:3.14

mzR提供了一个统一的API可用的常见的文件格式和解析器质谱数据。它有一个包装器为印度商学院随机访问解析器质谱mzXML, mzData和mzML文件。包包含原始代码写的印度商学院,和mzML proteowizard库的一个子集,mzIdentML。这个曾被用于XCMS netCDF阅读代码。

作者:贝恩德•菲舍尔,史蒂芬诺伊曼。劳伦与,羌族口,Johannes Rainer

维护人员:史蒂芬诺伊曼在ipb-halle.de > < sneumann。劳伦与<劳伦。与uclouvain。>,Qiakng口< qkou umail.iu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“mzR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“mzR”)

HTML	R脚本	Accessin原始质谱分析和识别数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,ImmunoOncology,基础设施,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件
版本	2.28.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Rcpp(> = 0.10.1)方法,跑龙套
进口	Biobase,BiocGenerics(> = 0.13.6),ProtGenerics(> = 1.17.3),ncdf4
链接	Rcpp,zlibbioc,Rhdf5lib(> = 1.1.4)
建议	msdata(> = 0.15.1),RUnit,mzID,BiocStyle(> = 2.5.19),knitr,XML,rmarkdown
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL	https://github.com/sneumann/mzR/
BugReports	https://github.com/sneumann/mzR/issues/
取决于我	MSGFgui,MSnbase,蛋白质组学
进口我	adductomicsR,自动调谐,CluMSID,DIAlignR,MSnID,msPurity,peakPantheR,ProteomicsAnnotationHubData,RMassBank,SIMAT,TargetDecoy,topdownr,xcms,山药
建议我	AnnotationHub,MsBackendRawFileReader,msdata,qcmetrics,RforProteomics,光谱
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mzR_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	mzR_2.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	mzR_2.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mzR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mzR/
包下载报告	下载数据