此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见马斯喀特.
Bioconductor版本:3.14
“muscat”为多样本、多组、多(细胞)亚群体scRNA-seq数据的DS分析提供了各种方法和可视化工具,包括基于聚合“伪体”数据的细胞级混合模型和方法,以及一个灵活的模拟单样本和多样本scRNA-seq数据的仿真平台。
作者:Helena L. Crowell [aut, cre], Pierre-Luc Germain [aut], Charlotte Soneson [aut], Anthony Sonrel [aut], Mark D. Robinson [aut, fnd]
维护者:Helena L. Crowell < Helena at Crowell .eu>
引文(从R内,输入引用(“马斯喀特”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“马斯喀特”)
超文本标记语言 | R脚本 | 1.DS分析 |
超文本标记语言 | R脚本 | 2.数据模拟 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件,StatisticalMethod,可视化 |
版本 | 1.8.2 |
在Bioconductor | BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 4.1) |
进口 | BiocParallel,blme,ComplexHeatmap,data.table,DESeq2,dplyr,刨边机,ggplot2,glmmTMB, grDevices,网格,limma,lmerTest,lme4,矩阵,matrixStats、方法、进步,purrr,S4Vectors,尺度,嘘,天窗,sctransform统计数据,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,variancePartition,冬青 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,countsimQC,cowplot,ExperimentHub,iCOBRA,knitr,phylogram,RColorBrewer,reshape2,rmarkdown,statmod,testthat,UpSetR |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/HelenaLC/muscat |
BugReports | https://github.com/HelenaLC/muscat/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | muscData |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | muscat_1.8.2.tar.gz |
Windows二进制 | muscat_1.8.2.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | muscat_1.8.2.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/muscat |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/muscat |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/muscat/ |
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