multiGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiGSEA

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅multiGSEA

GSEA-based通路富集结合多组学数据集成

Bioconductor版本:3.14

从途径来自8个不同的数据库中提取特征(KEGG, Reactome、Biocarta等)可用于转录组、蛋白质组学和/或代谢组学水平计算结合GSEA-based浓缩得分。

作者:塞巴斯蒂安Canzler (aut (cre),Jorg Hackermuller (aut)

维护人员:塞巴斯蒂安Canzler <塞巴斯蒂安。在ufz.de canzler >

从内部引用(R,回车引用(“multiGSEA”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“multiGSEA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“multiGSEA”)

HTML R脚本 multiGSEA.html
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BioCarta,GeneSetEnrichment,通路,Reactome,软件
版本 1.4.0
Bioconductor自 BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 4.0.0)
进口 magrittr,石墨,AnnotationDbi,dplyr,fgsea,metap,rappdirs,rlang、方法
链接
建议 org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Ss.eg.db,org.Bt.eg.db,org.Ce.eg.db,org.Dm.eg.db,org.Dr.eg.db,org.Gg.eg.db,org.Xl.eg.db,org.Cf.eg.db,metaboliteIDmapping,knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/yigbt/multiGSEA
BugReports https://github.com/yigbt/multiGSEA/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 multiGSEA_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 multiGSEA_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉) multiGSEA_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiGSEA
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ multiGSEA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/multiGSEA/
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