这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅msPurity。
Bioconductor版本:3.14
msPurity R包开发:1)评估碎片光谱的光谱质量评估“前体离子纯洁”。2)过程碎片光谱。3)执行光谱匹配。前体离子纯洁是什么?——我们称之为“前体离子纯洁”是一个衡量的贡献所选前体峰在一个隔离的窗口用于分裂。简单的计算涉及到选择前体峰的强度除以总强度的隔离窗。当评估MS / MS谱计算完成之前和之后的兴趣和纯洁的MS / MS扫描是在记录时间内插的MS / MS收购。此外,同位素峰可以删除、低丰度的山峰中,被认为是产生的MS / MS谱的贡献有限,质谱仪的分离效率可用于正常使用的强度计算。
作者:托马斯·n·劳森(aut (cre),拉尔夫·韦伯(施),马丁·琼斯(施),朱利安Saint-Vanne[所有],哪Jankevics[所有],马克Viant(黑色),沃里克邓恩(黑色)
维护人员:托马斯·n·劳森< thomas.nigel。劳森在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“msPurity”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“msPurity”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“msPurity”)
HTML | R脚本 | msPurity |
HTML | R脚本 | msPurity光谱数据库模式 |
HTML | R脚本 | msPurity光谱匹配 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | MassSpectrometry,代谢组学,软件 |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年) |
许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
取决于 | Rcpp |
进口 | plyr,dplyr,dbplyr,magrittr,foreach平行,doSNOW,stringr,mzR,reshape2,fastcluster,ggplot2,DBI,RSQLite,uuid,jsonlite |
链接 | |
建议 | MSnbase,testthat,xcms,BiocStyle,knitr,rmarkdown,msPurityData,相机,RPostgres,RMySQL |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/ |
BugReports | https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/issues/new |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | msPurity_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | msPurity_1.20.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | msPurity_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msPurity |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msPurity |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/msPurity/ |
包下载报告 | 下载数据 |