mosbi

DOI:10.18129 / B9.bioc.mosbi

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅mosbi。

使用Biclustering分子签名识别

Bioconductor版本:3.14

这个包是biclustering合奏的实现方法MoSBi从biclustering(分子签名识别)。MoSBi提供标准化接口biclustering结果,可以将他们的研究结果与multi-algorithm合奏的方法来计算健壮的合奏biclusters分子组学数据。这是通过计算相似度的biclusters和过滤网络重叠使用一个定制的误差模型。之后,鲁汶模块化它用来提取bicluster相似性网络社区,它可以转化为合奏biclusters。此外,MoSBi包括几个网络可视化方法给一个直观的、可伸缩的结果的概述。MoSBi附带几个biclustering算法,但是可以很容易地扩展到新的biclustering算法。

作者:蒂姆·丹尼尔·罗斯(cre, aut) Josch康斯坦丁·鲍林(aut)

维修工:蒂姆·丹尼尔玫瑰<蒂姆。玫瑰在wzw.tum.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“mosbi”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“mosbi”)

HTML	R脚本	样例流程
HTML	R脚本	similarity-metrics-evaluation
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,网络,软件,StatisticalMethod
版本	1.0.3
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	AGPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	Rcpp,黑洞,xml2、方法、igraph,fabia。,RcppParallel,biclust,isa2,QUBIC,akmbiclust,RColorBrewer
链接	Rcpp,黑洞,RcppParallel
建议	knitr,rmarkdown,BiocGenerics,runibic,BiocStyle,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	GNU c++ 17日
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mosbi_1.0.3.tar.gz
Windows二进制	mosbi_1.0.3.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	mosbi_1.0.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mosbi
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mosbi
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mosbi/
包下载报告	下载数据