蒙娜丽莎

DOI:10.18129 / B9.bioc.monaLisa

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅蒙娜丽莎。

扔进垃圾箱主题浓缩分析和可视化

Bioconductor版本:3.14

有用的函数来处理序列在基因组数据的分析主题。这些包括方法注释基因组区域或序列预测主题支安打,确定主题,观察到的变化在可访问性或表达式。函数产生信息的可视化结果也提供。

作者:达尼亚Machlab (aut)卢卡斯汉堡(aut),夏洛特Soneson (aut)迈克尔·施(aut (cre)

维护人员:迈克尔Stadler <迈克尔。施在fmi.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“蒙娜丽莎”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“蒙娜丽莎”)

HTML	R脚本	蒙娜丽莎和丽莎-主题分析
HTML	R脚本	selecting_motifs_with_randLassoStabSel
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细节

biocViews	表观遗传学,FeatureExtraction,MotifAnnotation,软件,可视化
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	方法、统计跑龙套,grDevices、图形BiocGenerics,GenomicRanges,TFBSTools,Biostrings,IRanges,刺穿了,BSgenome,glmnet,S4Vectors,SummarizedExperiment,BiocParallel、网格circlize,ComplexHeatmap(> = 2.0.0),XVector,GenomeInfoDb、工具、vioplot
链接
建议	JASPAR2020,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle,gridExtra
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fmicompbio/monaLisa//www.anjoumacpherson.com/packages/monaLisa/https://fmicompbio.github.io/monaLisa/
BugReports	https://github.com/fmicompbio/monaLisa/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	monaLisa_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	monaLisa_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	monaLisa_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/monaLisa
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/蒙娜丽莎
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/monaLisa/
包下载报告	下载数据