这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅mitoClone2。
Bioconductor版本:3.14
这个包主要是确定的线粒体基因组变异BAM对齐文件。过滤这些变体去除RNA编辑事件然后估计他们的进化关系(即他们的种系发生树)和组单个细胞克隆。它还可视化提供额外的基因突变和上下文。
作者:本杰明故事(aut (cre), Lars Velten (aut),格雷戈尔Monke (aut)
维护人员:本杰明故事<故事。本杰明:gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“mitoClone2”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“mitoClone2”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“mitoClone2”)
HTML | R脚本 | 计算系统发育树和集群的突变 |
HTML | R脚本 | 变量调用 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,注释,DataImport,遗传学,单核苷酸多态性,SingleCell,软件 |
版本 | 1.0.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 4.1.0) |
进口 | reshape2,GenomicRanges,pheatmap,deepSNVgrDevices图形,统计,跑龙套,S4Vectors,Rhtslib、并行、方法ggplot2 |
链接 | Rhtslib(> = 1.13.1) |
建议 | knitr,rmarkdown,Biostrings,testthat |
SystemRequirements | GNU, PhISCS(可选) |
增强了 | |
URL | https://github.com/benstory/mitoClone2 |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | mitoClone2_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | mitoClone2_1.0.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | mitoClone2_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mitoClone2 |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mitoClone2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/mitoClone2/ |
包下载报告 | 下载数据 |