miloR

DOI:10.18129 / B9.bioc.miloR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见miloR

图上的微分邻域丰度检验

Bioconductor版本:3.14

这个包执行单细胞差异丰度测试。细胞状态被建模为最近邻图上的代表性邻域。假设检验使用负双项广义线性模型进行。

作者:Mike Morgan [aut, cre], Emma Dann [aut, ctb]

维护者:Mike Morgan

引文(从R内,输入引用(“miloR”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“miloR”)

超文本标记语言 R脚本 用Milo进行差异丰度测试
超文本标记语言 R脚本 以米洛小鼠原肠形成为例进行差异丰度测试
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews FunctionalGenomicsMultipleComparisonSingleCell软件
版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (>= 4.0.0),刨边机
进口 BiocNeighborsSingleCellExperiment矩阵(1.3 > = 0),S4Vectors统计数据,stringr、方法、igraphirlbacowplotBiocParallelBiocSingularlimmaggplot2宠物猫matrixStatsggraphgtoolsSummarizedExperiment拼接而成tidyrdplyrggrepelggbeeswarmRColorBrewer, grDevices
链接
建议 testthat质量mvtnorm食物covrknitrrmarkdownuwotBiocStyleMouseGastrulationData魔法RCurl旋度、图形
SystemRequirements
增强了
URL https://marionilab.github.io/miloR
BugReports https://github.com/MarioniLab/miloR/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 miloR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 miloR_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) miloR_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miloR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/miloR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/miloR/
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