miQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.miQC

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅miQC。

灵活,概率度量scRNA-seq数据的质量控制

Bioconductor版本:3.14

单细胞RNA-sequencing (scRNA-seq)使得它可能在高分辨率剖面组织的基因表达。之前一个重要预处理步骤执行下游分析是识别和清除细胞或退化的样品质量差的使用质量控制(QC)指标。两个广泛使用的质量控制指标确定一个“劣质”细胞是(我)如果细胞包含一个高比例的读取,映射到线粒体DNA编码基因(mtDNA)和(2)如果检测到少量的基因。miQC是数据驱动的质量控制指标,联合模型读取映射到mtDNA的比例和数量的检测基因与混合模型概率框架来预测低质量的细胞在一个给定的数据集。

作者:阿里尔Hippen (aut (cre),斯蒂芬妮·希克斯(aut)

维修工:爱丽儿Hippen <爱丽儿。在gmail.com hippen >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“miQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“miQC”)

HTML	R脚本	miQC
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,预处理,质量控制,测序,SingleCell,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	BSD_3_clause +文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	SingleCellExperiment,flexmix,ggplot2,样条函数
链接
建议	scRNAseq,嘘,biomaRt,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/greenelab/miQC
BugReports	https://github.com/greenelab/miQC/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	miQC_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	miQC_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	miQC_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ miQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/miQC/
包下载报告	下载数据