methylumi

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylumi

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylumi

处理Illumina公司甲基化数据

Bioconductor版本:3.14

这个包提供了类和操纵Illumina公司甲基化数据。eSet的基础上,它可以包含MIAME信息,样本信息,特征信息,和多个矩阵的数据。一个“智能”导入功能,methylumiR可以阅读并创建一个MethyLumiSet Illumina公司文本文件。methylumIDAT可以直接读取原始IDAT文件从HumanMethylation27 HumanMethylation450微阵列。规范化、背景校正和GoldenGate质量控制功能,还包括英,英飞纳姆高清数组。

作者:肖恩·戴维斯,杜潘,斯文",Jr .)蒂姆•Triche Moiz Bootwalla

维护人员:肖恩·戴维斯在gmail.com < seandavi >

从内部引用(R,回车引用(“methylumi”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methylumi”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“methylumi”)

PDF R脚本 介绍methylumi包
PDF R脚本 使用methylumi处理Illumina公司450 k数组
PDF 参考手册
文本 自述

细节

biocViews CpGIsland,DNAMethylation,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本 2.40.1
Bioconductor自 BioC 2.5 (r - 2.10)(12.5年)
许可证 GPL-2
取决于 Biobase、方法、R (> = 2.13)尺度,reshape2,ggplot2,matrixStats,FDb.InfiniumMethylation.hg19(> = 2.2.0),minfi
进口 BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Biobase、图形、晶格,注释,genefilter,AnnotationDbi,minfistats4,illuminaio,GenomicFeatures
链接
建议 光民,晶格,limma,xtable,SQN,质量,matrixStats平行,rtracklayer,Biostrings,TCGAMethylation450k,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18(> = 2.2.0),Homo.sapiens,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new
取决于我 bigmelon,RnBeads,skewr,西瓜
进口我 ffpe,光民,missMethyl
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 methylumi_2.40.1.tar.gz
Windows二进制 methylumi_2.40.1.zip
macOS 10.13(高山脉) methylumi_2.40.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylumi
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylumi
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/methylumi/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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