methylscaper

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylscaper

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见methylscaper

甲基化数据可视化

Bioconductor版本:3.14

methylscaper是一个R包,用于处理和可视化数据,联合分析甲基化和染色质可及性(MAPit, NOMe-seq, scNMT-seq, nanoNOMe等)。该软件包支持单细胞和单分子数据,并通过生成有序表征甲基化状态矩阵来联合可视化这两种数据类型的公共接口。Shiny应用程序允许优化和重加权的交互式序列化过程,以优化细胞或DNA分子的顺序,以发现甲基化模式和核小体定位。

作者:Bacher Rhonda [aut, cre], Parker Knight [aut]

维护者:Bacher Rhonda

引文(从R内,输入引用(“methylscaper”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“methylscaper”)

超文本标记语言 R脚本 使用甲基scaper可视化联合甲基化和核小体占用数据
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylation表观遗传学NucleosomePositioningPrincipalComponentSingleCell软件可视化
版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 4.1.0)
进口 闪亮的shinyjs系列化BiocParallelseqinrBiostringsRfast, grDevices,图形,统计,utils,工具,方法,shinyFilesdata.tableSummarizedExperiment
链接
建议 knitrrmarkdowndevtools
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 methylscaper_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 methylscaper_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) methylscaper_1.2.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylscaper
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylscaper
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/methylscaper/
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