methylCC

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylCC

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylCC。

估计全血在DNA甲基化的细胞组成样本

Bioconductor版本:3.14

一个工具来估计DNA甲基化的细胞组成全血样品测量技术(芯片和测序)在任何平台。

作者:斯蒂芬妮·c·希克斯(aut (cre)拉斐尔•伊(aut)

维护人员:斯蒂芬妮·c·希克斯< shicks19 jhu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methylCC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	methylCC用户指南
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,MethylSeq,MethylationArray,微阵列,测序,软件,WholeGenome
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	CC 4.0
取决于	R (> = 3.6),FlowSorted.Blood.450k
进口	Biobase,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,dplyr,magrittr,minfi,bsseq,quadprog,plyranges,统计,跑龙套,bumphunter,genefilter、方法、IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19
链接
建议	rmarkdown,knitr,testthat(> =魅惑,BiocGenerics,BiocStyle,tidyr,ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/stephaniehicks/methylCC/
BugReports	https://github.com/stephaniehicks/methylCC/
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methylCC_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	methylCC_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	methylCC_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylCC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylCC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylCC/
包下载报告	下载数据