methrix

DOI:10.18129 / B9.bioc.methrix

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methrix。

快速而有效的总结一般从Bisufite测序bedGraph文件

Bioconductor版本:3.14

Bedgraph文件生成亚硫酸氢管道通常是在不同的味道。关键的下游一步需要总结的这些文件到甲基化/覆盖矩阵。这一步的数据聚合是通过Methrix,下游包括许多其他有用的功能。

作者:Anand Mayakonda (aut (cre),河托斯(aut),Rajbir巴特拉(施),克拉丽莎Feuerstein-Akgoz[所有],Joschka嘿(施),马克西米利安Schonung[所有],Pavlo Lutsik(施)

维护人员:Anand Mayakonda < anand_mt hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methrix”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“methrix”)

HTML	R脚本	Methrix教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,DNAMethylation,测序,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6),data.table(> = 1.12.4),SummarizedExperiment
进口	rtracklayer,DelayedArray,HDF5Array,BSgenome,DelayedMatrixStats、并行、方法ggplot2,matrixStats、图表、数据、跑龙套,GenomicRanges,IRanges
链接
建议	knitr,rmarkdown,DSS,bsseq,情节,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38,MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5,GenomicScores,Biostrings,RColorBrewer,GenomeInfoDb,testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/CompEpigen/methrix
BugReports	https://github.com/CompEpigen/methrix/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methrix_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	methrix_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	methrix_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methrix
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methrix
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methrix/
包下载报告	下载数据