metagenomeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeSeq

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅metagenomeSeq。

统计分析稀疏的高通量测序

Bioconductor版本:3.14

metagenomeSeq旨在确定功能(操作Taxanomic单元(OTU)、物种等)丰富的两个或两个以上的组之间不同的多个样本。metagenomeSeq旨在解决标准化和under-sampling微生物群落的影响对疾病协会检测和测试功能的相关性。

作者:约瑟夫•保尔森纳撒尼尔·内森·d·奥尔森他j . Braccia贾斯廷·瓦格纳Hisham Talukder,国王流行,赫克托耳Corrada布拉沃

维修工:约瑟夫·n·保尔森< jpaulson jimmy.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“metagenomeSeq”)

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文档

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PDF	R脚本	通过时间或地点fitTimeSeries:微分丰度分析
PDF	R脚本	metagenomeSeq:统计分析稀疏的高通量测序
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,DifferentialExpression,GeneticVariability,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,归一化,测序,软件,可视化
版本	1.36.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.0),Biobase,limma,glmnet、方法、RColorBrewer
进口	平行,matrixStats,foreach,矩阵,gplots、图形、grDevices统计,跑龙套,扳手
链接
建议	注释,BiocGenerics,biomformat,knitr,gss,testthat(> = 0.8),素食主义者,interactiveDisplay,IHW
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/nosson/metagenomeSeq/
BugReports	https://github.com/nosson/metagenomeSeq/issues
取决于我	etec16s,metavizr,microbiomeExplorer,msd16s
进口我	benchdamic,Maaslin2,microbiomeDASim,microbiomeMarker
建议我	interactiveDisplay,phyloseq,scTreeViz,扳手
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	metagenomeSeq_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	metagenomeSeq_1.36.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	metagenomeSeq_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metagenomeSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeSeq/
包下载报告	下载数据