metagene

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagene

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅metagene。

一个包生产metagene情节

Bioconductor版本:3.14

这个包产生metagene情节比较的行为DNA-interacting在选定的组基因/蛋白质功能。Bam文件是用于提高分辨率。多个组合群bam文件和/或一组基因区域可以比较在一个分析。引导指令分析是用来比较不同浓缩团体和定位区域的统计资料。

作者:查尔斯·乔利Beauparlant <查尔斯。在crchul.ulaval.ca joly-beauparlant >,Fabien Claude Lamaze , Rawane Samb , Cedric Lippens , Astrid Louise Deschenes and Arnaud Droit .

维护人员:查尔斯·乔利Beauparlant <查尔斯。在crchul.ulaval.ca joly-beauparlant >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“metagene”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“metagene”)

HTML	R脚本	介绍metagene
HTML	R脚本	RNA-seq exp ext
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,遗传学,MultipleComparison,测序,软件
版本	2.26.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0 |文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0),R6(> = 2.0),GenomicRanges,BiocParallel
进口	rtracklayer,gplots、工具、GenomicAlignments,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,IRanges,ggplot2,muStat,Rsamtools,matrixStats,purrr,data.table,magrittr、方法、跑龙套ensembldb,EnsDb.Hsapiens.v86,stringr
链接
建议	BiocGenerics,similaRpeak,RUnit,knitr,BiocStyle,rmarkdown,similaRpeak
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/CharlesJB/metagene/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	metagene_2.26.0.tar.gz
Windows二进制	metagene_2.26.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	metagene_2.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagene
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metagene
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metagene/
包下载报告	下载数据