megadepth

DOI:10.18129 / B9.bioc.megadepth

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见megadepth

megadepth: BigWig和BAM相关实用程序

Bioconductor版本:3.14

该包提供了ChristopherWilks提供的Megadepth的R接口,可在https://github.com/ChristopherWilks/megadepth获得。它对于计算bigWig或BAM文件中一组基因组区域的覆盖范围特别有用。使用这个包,您可以从BigWig文件中为区域或您选择的注释构建碱基对覆盖矩阵。Megadepth用于创建//www.anjoumacpherson.com/packages/recount3提供的原始文件。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut],张大卫[aut, cre]

维护者:David Zhang < David . Zhang。12在ucl.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“megadepth”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("megadepth")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“megadepth”)

超文本标记语言 R脚本 Megadepth快速入门指南
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文本 安装

细节

biocViews 报道DataImport预处理RNASeq软件转录组
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于
进口 xfun跑龙套,fsGenomicRangesreadrcmdfundplyrmagrittr
链接
建议 covrknitrBiocStylesessioninformarkdownrtracklayerderfinderGenomeInfoDb、工具、RefManageRtestthat
SystemRequirements megadepth (
增强了
URL https://github.com/LieberInstitute/megadepth
BugReports https://support.bioconductor.org/t/megadepth
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 megadepth_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 megadepth_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) megadepth_1.4.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/megadepth
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/megadepth
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/megadepth/
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