这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅马提尼。
Bioconductor版本:3.14
马提尼处理固有的低功率GWAS研究利用先验知识表示成一个网络。snp是网络的顶点,边代表生物它们之间的关系(基因组邻接,属于同一基因的物理相互作用蛋白质产品)。网络扫描使用烤饼,看起来snp最大限度地与表型相关的组织,形成一个子网。
作者:赫克托耳Climente-Gonzalez (aut (cre),Chloe-Agathe Azencott (aut)
维修工:赫克托耳Climente-Gonzalez <赫克托耳。在riken.jp climente >
从内部引用(R,回车引用(“马提尼”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“马提尼”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“马提尼”)
HTML | R脚本 | 运行烤饼 |
HTML | R脚本 | 模拟SConES-based表型 |
参考手册 |
biocViews | FeatureExtraction,GeneticVariability,遗传学,GenomeWideAssociation,GraphAndNetwork,网络,单核苷酸多态性,软件 |
版本 | 1.14.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(4年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 4.0) |
进口 | igraph(> = 1.0.1),矩阵、方法(> = 3.3.2),Rcpp(> = 0.12.8),snpStats(> = 1.20.0)统计,跑龙套 |
链接 | Rcpp,RcppEigen(> = 0.3.3.5.0) |
建议 | biomaRt(> = 2.34.1),circlize(> = 0.4.11),STRINGdb(> = 2.2.0),httr(> = 1.2.1),IRanges(> = 2.8.2),S4Vectors(> = 0.12.2),memoise(> = 2.0.0),knitr,testthat,readr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/hclimente/martini |
BugReports | https://github.com/hclimente/martini/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | martini_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | martini_1.14.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | martini_1.14.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/martini |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/马提尼 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/martini/ |
包下载报告 | 下载数据 |