马尔

DOI:10.18129 / B9.bioc.marr

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅马尔。

最大秩再现性

Bioconductor版本:3.14

马尔(最高排名再现性)是一种非参数方法,检测到的信号使用高维生物数据的最大秩统计。在这个R包,我们每样例实现措施的再现性的函数特性对每特征和样本对高维生物复制实验。用户友好的情节功能也在这个包中每个样本对情节再现性的直方图特征和样本对每个特性。此外,我们的方法还允许用户选择最优滤波阈值识别的可再生的特性和基于输出样本对可视化检查(柱状图)。这个包还提供了数据过滤的子集可再生的特性和/或样本对。

作者:Tusharkanti Ghosh (aut (cre),马克斯·麦格拉思(aut),黛西Philtron (aut) (Katerina Kechris (aut) Debashis Ghosh (aut (cph)

维护人员:Tusharkanti Ghosh < tusharkantighosh30 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“马尔”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“马尔”)

HTML	R脚本	马尔的用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,MassSpectrometry,代谢组学,质量控制,RNASeq,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.0)
进口	Rcpp,SummarizedExperiment、跑龙套、方法ggplot2,dplyr,magrittr,rlang,S4Vectors
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat,covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Ghoshlab/marr/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	marr_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	marr_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	marr_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/marr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/马尔
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/marr/
包下载报告	下载数据