lionessR

DOI:10.18129 / B9.bioc.lionessR

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅lionessR。

使用狮建模网络对个人样本

Bioconductor版本:3.14

母狮,或线性插值获得网络估计单样本,可以用来重建single-sample网络(https://arxiv.org/abs/1505.06440)。这段代码实现了狮狮函数的方程R重建single-sample网络。我们使用的默认网络重建法是基于皮尔逊相关性。然而,lionessR可以运行在任何网络重建算法,它返回一个完整的、加权邻接矩阵。lionessR unipartite和工作由两部分构成的网络。

作者:丽迪雅Marieke Kuijjer (aut),Ping-Han谢长廷(cre)

维修工:Ping-Han谢长廷< dn070017 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“lionessR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“lionessR”)

HTML	R脚本	lionessR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,网络,NetworkInference,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	统计数据,SummarizedExperiment,S4Vectors
链接
建议	knitr,rmarkdown,igraph,reshape2,limma
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mararie/lionessR
BugReports	https://github.com/mararie/lionessR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	lionessR_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	lionessR_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	lionessR_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lionessR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ lionessR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lionessR/
包下载报告	下载数据