karyoploteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.karyoploteR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见karyoploteR

绘制可定制的线性基因组,显示任意数据

Bioconductor版本:3.14

核型图创建任意基因组的核型图,并提供了一套完整的功能来绘制它们上的任意数据。它模仿许多R基图形函数,将它们与坐标变化函数耦合,自动将染色体和数据坐标映射到图形坐标中。除了提供的数据绘图功能外,还可以轻松添加新的功能。

作者:Bernat Gel

维护者:Bernat Gel

引文(从R内,输入引用(“karyoploteR”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“karyoploteR”)

超文本标记语言 R脚本 karyoploteR装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeqCopyNumberVariation报道DNASeqDataImportMethylSeqOneChannel测序软件可视化
版本 1.20.3
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.4),地区GenomicRanges、方法
进口 地区GenomicRangesIRangesRsamtools,统计,图形,memoisertracklayerGenomeInfoDbS4VectorsbiovizBase消化贝塞尔曲线GenomicFeaturesbamsignalsAnnotationDbigrDevices,VariantAnnotation
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdown减价testthatmagrittrBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.maskedTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGeneorg.Hs.eg.dborg.Mm.eg.dbpasillaBamSubset
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/bernatgel/karyoploteR
BugReports https://github.com/bernatgel/karyoploteR/issues
全靠我 CopyNumberPlots
进口我 CNVfilteRCNVizmulticrisprRIPAT
建议我 类别
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 karyoploteR_1.20.3.tar.gz
Windows二进制 karyoploteR_1.20.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra) karyoploteR_1.20.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/karyoploteR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/karyoploteR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/karyoploteR/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网