imcRtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.imcRtools

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅imcRtools。

血细胞计数成像质量数据分析的方法

Bioconductor版本:3.14

这个R包支持成像质量的处理和分析血细胞计数和其他高度复合成像数据。单细胞的主要功能包括阅读图像分割和测量后的数据,数据格式执行渠道溢出校正和大量的空间分析方法。第一,信息交互是通过空间图施工检测;这些图可以与细胞代表节点和可视化交互代表边缘。此外,每个细胞,直接邻国允许空间聚类进行了总结。每个图像/分组级别,类型的细胞之间的相互作用,平均和比较对随机排列。交互的,类型的细胞(吸引力)或更少(避免)经常比预期偶然发现。

作者:Nils鹅岭(aut (cre),托拜厄斯霍克(施),维托Zanotelli[所有],Jana菲舍尔(施),丹尼尔·舒尔茨(施)

维护人员:Nils鹅岭<尼尔斯。在引导dqbm.uzh.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“imcRtools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“imcRtools”)

HTML	R脚本	IMC数据分析的工具
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,ImmunoOncology,SingleCell,软件,空间
版本	1.0.2中
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1),SpatialExperiment
进口	S4Vectors,统计,跑龙套,SummarizedExperiment、方法、pheatmap,天窗,stringr,readr,EBImage,cytomapper,abind,BiocParallel,冬青,dplyr,magrittr,DT,igraph,SingleCellExperiment,发呜呜声,BiocNeighbors,RTriangle,ggraph,tidygraph,ggplot2,data.table,科幻小说,concaveman
链接
建议	催化剂、网格tidyr,BiocStyle,knitr,rmarkdown,减价,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BodenmillerGroup/imcRtools
BugReports	https://github.com/BodenmillerGroup/imcRtools/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	imcRtools_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	imcRtools_1.0.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	imcRtools_1.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/imcRtools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ imcRtools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/imcRtools/
包下载报告	下载数据