iSEE

DOI:10.18129 / B9.bioc.iSEE

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅iSEE。

交互式SummarizedExperiment探险家

Bioconductor版本:3.14

创建一个交互式Shiny-based探索数据存储在SummarizedExperiment对象的图形用户界面,包括行和列级元数据。接口支持选择情节和表之间的传播,代码跟踪,互动,互动或初始化编程,维护应用程序状态,和可扩展性,通过S4类新面板类型。特别关注了单细胞SingleCellExperiment对象中的数据降维的可视化结果。

作者:凯文Rue-Albrecht (aut (cre),费德里科•马里尼(aut),夏洛特Soneson (aut)亚伦Lun (aut)

维护人员:凯文Rue-Albrecht < kevinrue67 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(iSEE)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (iSEE)

HTML	R脚本	1。iSEE用户指南
HTML	R脚本	2。共享信息面板
HTML	R脚本	3所示。配置iSEE应用
HTML	R脚本	4所示。ExperimentColorMap类
HTML	R脚本	5。部署自定义面板
HTML	R脚本	6。用iSEE大数据
HTML	R脚本	7所示。语音识别
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays,聚类,DimensionReduction,FeatureExtraction,GUI,GeneExpression,ImmunoOncology,SingleCell,软件,转录,转录组,可视化
版本	2.6.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	SummarizedExperiment,SingleCellExperiment
进口	方法,BiocGenerics,S4Vectors,跑龙套,统计数据,闪亮的,shinydashboard,shinyAce,shinyjs,DT,rintrojs,ggplot2,ggrepel,colourpicker,igraph,vipor,mgcv、图形、grDevicesviridisLite,shinyWidgets,ComplexHeatmap,circlize、网格
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,scRNAseq,TENxPBMCData,嘘,DelayedArray,HDF5Array,RColorBrewer,冬青,htmltools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/iSEE/iSEE
BugReports	https://github.com/iSEE/iSEE/issues
取决于我	iSEEu
进口我
建议我	DuoClustering2018,HCAData,schex,TabulaMurisData,TabulaMurisSenisData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	iSEE_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	iSEE_2.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	iSEE_2.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iSEE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ iSEE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/iSEE/
包下载报告	下载数据