蜂鸟

DOI:10.18129 / B9.bioc.hummingbird

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅蜂鸟。

隐马尔可夫模型贝叶斯差异甲基化区域的检测

Bioconductor版本:3.14

一个包检测微分甲基化。它利用一个贝叶斯隐马尔科夫模型,其中包括位置依赖基因组位点,与大多数现有的方法假定观测之间的独立性。应用贝叶斯先验允许整个染色体信息共享来提高检测的力量。软件包是最好的的直接输出序列的甲基化状态,消除主观的使用,和大部分时间任意假定值的阈值确定的意义。最后,我们的方法不需要复制在两个或两个比较组。

作者:Eleni亚当(aut (cre),当时吉(aut), Desh Ranjan (aut)

维修工:Eleni亚当< eadam002 odu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“蜂鸟”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“蜂鸟”)

HTML	R脚本	蜂鸟
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,BiomedicalInformatics,DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,HiddenMarkovModel,测序,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0)
进口	Rcpp、图形、GenomicRanges,SummarizedExperiment,IRanges
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	hummingbird_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	hummingbird_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	hummingbird_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hummingbird
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/蜂鸟
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hummingbird/
包下载报告	下载数据