hopach

DOI:10.18129 / B9.bioc.hopach

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅hopach。

分层要求分区和混合(HOPACH)崩溃

Bioconductor版本:3.14

HOPACH聚类算法构建集群的层次树递归分区数据集,而排序和可能崩溃在每个水平集群。算法使用均值/中值分割轮廓(MSS)标准确定树的水平,最大限度地均匀集群。它也运行树下生产最后一个元素的有序列表。非参数引导允许一个估计的概率每个元素属于每个集群(模糊聚类)。

作者:凯瑟琳·s·波拉德,范德朗Mark j . <拉恩说道:stat.berkeley.edu >和格雷格墙

维护人员:凯瑟琳·s·波拉德<凯瑟琳。波拉德:gladstone.ucsf.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“hopach”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“hopach”)

PDF	R脚本	hopach
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类,软件
版本	2.54.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 17年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.11.0),集群,Biobase、方法
进口	图形、grDevices统计,跑龙套,BiocGenerics
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.stat.berkeley.edu/ ~拉恩说道/http://docpollard.org/
取决于我
进口我	phenoTest,scClassify,treekoR
建议我	MicrobiotaProcess
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	hopach_2.54.0.tar.gz
Windows二进制	hopach_2.54.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	hopach_2.54.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hopach
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ hopach
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hopach/
包下载报告	下载数据