gscreend

DOI:10.18129 / B9.bioc.gscreend

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gscreend

分析池的遗传屏幕

Bioconductor版本:3.14

方案的分析集中的遗传屏幕(例如CRISPR-KO)。这种屏幕的分析是基于比较gRNA丰度前后细胞增殖阶段。gscreend包以gRNA数作为输入,并允许检测基因的敲除增加或减少细胞增殖。

作者:凯瑟琳Imkeller (cre, aut],沃尔夫冈·胡贝尔(aut)

维护人员:凯瑟琳Imkeller < k。在dkfz.de imkeller >

从内部引用(R,回车引用(“gscreend”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gscreend”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gscreend”)

HTML R脚本 Example_simulated
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CRISPR,PooledScreens,软件,StatisticalMethod
版本 1.8.0
Bioconductor自 BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.6)
进口 SummarizedExperiment,nloptr,fGarch、方法、BiocParallel、图形
链接
建议 knitr,testthat,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/imkeller/gscreend
BugReports https://github.com/imkeller/gscreend/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 gscreend_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 gscreend_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉) gscreend_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gscreend
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gscreend
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/gscreend/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网