这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gscreend。
Bioconductor版本:3.14
方案的分析集中的遗传屏幕(例如CRISPR-KO)。这种屏幕的分析是基于比较gRNA丰度前后细胞增殖阶段。gscreend包以gRNA数作为输入,并允许检测基因的敲除增加或减少细胞增殖。
作者:凯瑟琳Imkeller (cre, aut],沃尔夫冈·胡贝尔(aut)
维护人员:凯瑟琳Imkeller < k。在dkfz.de imkeller >
从内部引用(R,回车引用(“gscreend”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gscreend”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“gscreend”)
HTML | R脚本 | Example_simulated |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | CRISPR,PooledScreens,软件,StatisticalMethod |
版本 | 1.8.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 3.6) |
进口 | SummarizedExperiment,nloptr,fGarch、方法、BiocParallel、图形 |
链接 | |
建议 | knitr,testthat,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/imkeller/gscreend |
BugReports | https://github.com/imkeller/gscreend/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | gscreend_1.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | gscreend_1.8.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | gscreend_1.8.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gscreend |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gscreend |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/gscreend/ |
包下载报告 | 下载数据 |