gscreend

DOI:10.18129 / B9.bioc.gscreend

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gscreend。

分析池的遗传屏幕

Bioconductor版本:3.14

方案的分析集中的遗传屏幕(例如CRISPR-KO)。这种屏幕的分析是基于比较gRNA丰度前后细胞增殖阶段。gscreend包以gRNA数作为输入,并允许检测基因的敲除增加或减少细胞增殖。

作者:凯瑟琳Imkeller (cre, aut],沃尔夫冈·胡贝尔(aut)

维护人员:凯瑟琳Imkeller < k。在dkfz.de imkeller >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gscreend”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gscreend”)

HTML	R脚本	Example_simulated
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR,PooledScreens,软件,StatisticalMethod
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	SummarizedExperiment,nloptr,fGarch、方法、BiocParallel、图形
链接
建议	knitr,testthat,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/imkeller/gscreend
BugReports	https://github.com/imkeller/gscreend/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gscreend_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	gscreend_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	gscreend_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gscreend
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gscreend
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gscreend/
包下载报告	下载数据