石墨
DOI:10.18129 / B9.bioc.graphite
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅石墨。
从路径拓扑图形交互环境
Bioconductor版本:3.14
从路径图对象拓扑来源于KEGG,豹,PathBank,网页,Reactome SMPDB和WikiPathways数据库。
作者:Gabriele销售(cre),艾瑞卡Calura (aut),奇亚拉Romualdi (aut)
维护人员:Gabriele销售< Gabriele。销售unipd.it >
从内部引用(R,回车引用(石墨)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“石墨”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(石墨)
| R脚本 | 从路径拓扑图形交互环境 | |
| metabolites.pdf | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GraphAndNetwork,KEGG,代谢组学,网络,通路,Reactome,软件,ThirdPartyClient |
| 版本 | 1.40.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.9 (r - 2.14)(10.5年) |
| 许可证 | AGPL-3 |
| 取决于 | R(> = 4.1),方法 |
| 进口 | AnnotationDbi,使彻底失败,图(> = 1.67.1),httr,rappdirs,统计,跑龙套,图形 |
| 链接 | |
| 建议 | a4Preproc,所有,BiocStyle,限幅器,codetools,hgu133plus2.db,hgu95av2.db,嫁祸于,knitr,org.Hs.eg.db平行,R.rsp,RCy3,rmarkdown,SPIA(> = 2.2),testthat,topologyGSA(> = 1.4.0) |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | PoTRA |
| 进口我 | dce,EnrichmentBrowser,mogsa,multiGSEA,ReactomePA,StarBioTrek |
| 建议我 | 限幅器,InterCellar,metaboliteIDmapping |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | graphite_1.40.0.tar.gz |
| Windows二进制 | graphite_1.40.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | graphite_1.40.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/graphite |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/石墨 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/graphite/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
