石墨

DOI:10.18129 / B9.bioc.graphite

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅石墨

从路径拓扑图形交互环境

Bioconductor版本:3.14

从路径图对象拓扑来源于KEGG,豹,PathBank,网页,Reactome SMPDB和WikiPathways数据库。

作者:Gabriele销售(cre),艾瑞卡Calura (aut),奇亚拉Romualdi (aut)

维护人员:Gabriele销售< Gabriele。销售unipd.it >

从内部引用(R,回车引用(石墨)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“石墨”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF R脚本 从路径拓扑图形交互环境
PDF metabolites.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GraphAndNetwork,KEGG,代谢组学,网络,通路,Reactome,软件,ThirdPartyClient
版本 1.40.0
Bioconductor自 BioC 2.9 (r - 2.14)(10.5年)
许可证 AGPL-3
取决于 R(> = 4.1),方法
进口 AnnotationDbi,使彻底失败,(> = 1.67.1),httr,rappdirs,统计,跑龙套,图形
链接
建议 a4Preproc,所有,BiocStyle,限幅器,codetools,hgu133plus2.db,hgu95av2.db,嫁祸于,knitr,org.Hs.eg.db平行,R.rsp,RCy3,rmarkdown,SPIA(> = 2.2),testthat,topologyGSA(> = 1.4.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 PoTRA
进口我 dce,EnrichmentBrowser,mogsa,multiGSEA,ReactomePA,StarBioTrek
建议我 限幅器,InterCellar,metaboliteIDmapping
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 graphite_1.40.0.tar.gz
Windows二进制 graphite_1.40.0.zip
macOS 10.13(高山脉) graphite_1.40.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/graphite
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/石墨
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/graphite/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网