gprege

DOI:10.18129 / B9.bioc.gprege

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gprege。

排名和基因表达时间序列估计高斯过程

Bioconductor版本:3.14

gprege包实现Kalaitzis &劳伦斯描述的方法(2011)“一个简单的方法来排名差异表达基因表达time-courses通过高斯过程回归”。软件适合两个GPs与RBF(+噪声对角线)内核在每个概要文件。一个GP内核初始化这个短lengthscale hyperparameter,信号方差作为观察和零噪声方差。它是通过比例共轭梯度优化(netlab)。第二个医生固定hyperparameters:零inverse-width,零信号方差和噪声方差为观察到的差异。边际的log-ratio可能的两个假设作为一个分数微分表达式为概要文件。通过对蝙蝠进行ROC曲线比较(Angelini出版社,2007)。详细讨论使用的排名方法和数据集可以在报纸上找到(http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/180)。

作者:阿尔弗雷多Kalaitzis < alkalait gmail.com >

维护人员:阿尔弗雷多Kalaitzis < alkalait gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gprege”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gprege”)

PDF	R脚本	gprege快速指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	生物信息学,DifferentialExpression,微阵列,预处理,软件,TimeCourse
版本	1.38.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(10年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 2.10),gptk
进口
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建议	垃圾邮件
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	alkalait@gmail.com
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gprege_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	gprege_1.38.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	gprege_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gprege
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gprege
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gprege/
包下载报告	下载数据