gep2pep

DOI:10.18129 / B9.bioc.gep2pep

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gep2pep。

创建和分析途径表达谱(pep)

Bioconductor版本:3.14

途径表达谱(pep)是基于路径的表达(定义为组基因)而不是单个基因。这个包将基因表达谱转换成活力并执行两通路富集分析和实验条件,如“药物组富集分析”和“gene2drug”药物发现分别分析。

作者:弗朗西斯科·纳波利塔诺在gmail.com < franapoli >

维护人员:弗朗西斯科·纳波利塔诺< franapoli gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gep2pep”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gep2pep”)

HTML	R脚本	介绍gep2pep
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,DimensionReduction,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,通路,软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	回购(> = 2.1.1)foreach,统计,跑龙套,GSEABase、方法、Biobase,XML,rhdf5,消化,迭代器
链接
建议	WriteXLS,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gep2pep_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	gep2pep_1.14.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	gep2pep_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gep2pep
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gep2pep
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gep2pep/
包下载报告	下载数据