genotypeeval

DOI:10.18129 / B9.bioc.genotypeeval

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅genotypeeval。

QA / QC gVCF或VCF文件

Bioconductor版本:3.14

需要在gVCF或VCF和报告指标来评估质量的电话。

作者:珍妮弗·汤姆(aut (cre)

维护人员:珍妮弗·汤姆<汤姆。詹妮弗:gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“genotypeeval”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“genotypeeval”)

HTML		genotypeeval_vignette.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BatchEffect,DataImport,遗传学,单核苷酸多态性,测序,软件,VariantAnnotation
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(6.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.4.0),VariantAnnotation
进口	ggplot2,rtracklayer,BiocGenerics,GenomicRanges,GenomeInfoDb,IRanges、方法、BiocParallel、图形、统计数据
链接
建议	rmarkdown,testthat,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	genotypeeval_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	genotypeeval_1.26.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	genotypeeval_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genotypeeval
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ genotypeeval
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/genotypeeval/
包下载报告	下载数据