genefu

DOI:10.18129 / B9.bioc.genefu

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅genefu。

计算在乳腺癌的基因表达式的签名

Bioconductor版本:3.14

这个包包含函数执行各种任务通常需要通过基因表达分析,特别是在乳腺癌研究:基因不同的微阵列平台之间的映射,分子亚型的识别,实现出版基因签名,基因选择、和生存分析。

作者:蒂娜硕士Gendoo (aut) Natchar Ratanasirigulchai (aut),马库斯·S·施罗德(aut),拉娅削减(aut),乔尔·S·帕克(aut) Aleix屁股(aut) Nikta Feizi[所有],克里斯托弗•伊尔斯[所有]便雅悯Haibe-Kains (aut (cre)

维护人员:本杰明Haibe-Kains < benjamin.haibe。实物地租在utoronto.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“genefu”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“genefu”)

HTML	R脚本	genefu:一个包进行乳腺癌基因表达分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,软件,可视化
版本	2.26.0
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1),survcomp,biomaRt,iC10,的目标是
进口	北极监测和评估方案,嫁祸于,mclust,limma、图形数据,跑龙套
链接
建议	GeneMeta,breastCancerVDX,breastCancerMAINZ,breastCancerTRANSBIG,breastCancerUPP,breastCancerUNT,breastCancerNKI,rmeta,Biobase,xtable,knitr,脱字符号,生存,BiocStyle,魔法,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.pmgenomics.ca/bhklab/software/genefu
取决于我
进口我	consensusOV,PDATK
建议我	breastCancerMAINZ,breastCancerNKI,breastCancerTRANSBIG,breastCancerUNT,breastCancerUPP,breastCancerVDX,GSgalgoR
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	genefu_2.26.0.tar.gz
Windows二进制	genefu_2.26.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	genefu_2.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genefu
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ genefu
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/genefu/
包下载报告	下载数据