gcapc

DOI:10.18129 / B9.bioc.gcapc

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见gcapc。

GC支持的峰值调用者

Bioconductor版本:3.14

ChIP-seq数据峰值调用，考虑测序读取时潜在的GC偏差。首先采用有效的GC策略，利用广义线性混合模型估计GC偏差，然后将其应用于峰值显著性估计。

作者:滕明祥，Rafael A. Irizarry

维护人员:Mingxiang Teng

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“gcapc”)

超文本标记语言	R脚本	gcapc用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，ChIPSeq，PeakDetection，测序，软件
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)
进口	BiocGenerics，GenomeInfoDb，S4Vectors，IRanges，Biostrings，BSgenome，GenomicRanges，Rsamtools，GenomicAlignments，matrixStats，质量，样条，grDevices，图形，统计，方法
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/tengmx/gcapc
全靠我
进口我
建议我	epigraHMM
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	gcapc_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	gcapc_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	gcapc_1.18.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcapc
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gcapc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gcapc/
软件包下载报告	下载数据