gCrisprTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCrisprTools

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见gCrisprTools

集合Crispr筛选QC和分析的功能套件

Bioconductor版本:3.14

用于评估汇集的高通量筛选实验的工具集,通常采用CRISPR/Cas9或shRNA表达盒。包含在实验中询问库和盒式行为的方法,识别差异丰富的盒式,聚集信号以确定经验验证的候选目标,假设检验和综合报告。版本2.0扩展了这些应用程序,包括各种工具,用于在许多实验中对信号进行上下文化和集成,通过“sparrow”包集成了扩展的信号丰富方法,并简化了许多形式需求,以帮助提高可解释性。

作者:Russell Bainer, Dariusz Ratman, Steve Lianoglou, Peter Haverty

维护者:Russell Bainer

引文(从R内,输入引用(“gCrisprTools”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“gCrisprTools”)

超文本标记语言 R脚本 Contrast_Comparisons_gCrisprTools
超文本标记语言 R脚本 Example_Workflow_gCrisprTools
超文本标记语言 R脚本 gCrisprTools_Vignette
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细节

biocViews BiomedicalInformaticsCRISPRCellBiologyDifferentialExpressionExperimentalDesignFunctionalGenomicsGeneSetEnrichment遗传学ImmunoOncologyMultipleComparison归一化遗传药理学药物基因组学PooledScreens预处理质量控制RNASeq回归软件SystemsBiology可视化
版本 2.0.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.1)
进口 BiobaselimmaRobustRankAggregggplot2SummarizedExperiment、网格rmarkdown, grDevices,图形,方法,ComplexHeatmap,统计,utils,并行
链接
建议 刨边机knitrAnnotationDbiorg.Mm.eg.dborg.Hs.eg.dbBiocGenerics减价RUnit麻雀msigdbrfgsea
SystemRequirements
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构建报告

包档案

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源包 gCrisprTools_2.0.0.tar.gz
Windows二进制 gCrisprTools_2.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) gCrisprTools_2.0.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCrisprTools
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gCrisprTools
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/gCrisprTools/
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